Es gibt nicht viele sesshafte Tierarten auf der „Isola del Giglio“. Am besten vertreten sind Wildhasen und Mufflons, welche eingeführt wurden und im Naturschutzgebiet „del Franco“ weitergezüchtet werden. Weitere Bewohner sind Eidechsen und Schlangen, jedoch keine giftigen, keine Sorge also bei Wanderungen in der Wildnis. Es gibt ein großes Vorkommen von Zugvögeln, der bekannteste unter ihnen ist die Mittelmeermöwe. Auch Raubvögel, wie zum Beispiel Turmfalken, Bussarde, Wanderfalken und Kolkraben sind vertreten. Unter den Nachtvögeln finden sich Schleiereulen, Zwergohreulen, Steinkäuze und Fledermäuse.
Die folgende Aufzählung kann Liebhabern des Bird-watching eine Hilfe sein und beinhaltet die auf der Insel sesshaften und nicht-sesshaften Vögel:

Säugetiere: Die Insel ist Heimat für nicht sehr viele Säugetiere, jedoch soll an dieser Stelle auf einige hingewiesen werden, denen man auf Spaziergängen und Wanderungen auf der Insel begegnen kann: Wildhase, Mastiff, Mufflon, die Fledermausarten Graues Langohr und Braunes Langohr sowie die Langflügel- und Breitflügelfledermaus, Ratte, Hausmaus;

Amphibien: Entlang der Wanderwege durch die “macchia” bzw. durch Steineichen-Wälder gibt es viele Eidechsen, die ängstlich den Schritten der Wanderer entfliehen. Auch Nattern suchen beim Anblick von Menschen das Weite und verkriechen sich in den Felsen, oder ins Gestrüpp. Auf der Insel gibt es: Gelbgrüne Zornnattern, Tyrrhenische Mauereidechsen, Ruineneidechsen, Sardische Scheibenzüngler;

Bei der Lacerta sicula tyrrenica handelt es sich um eine Eidechsenart, welche die Insel bewohnt und außerdem auch auf der nahegelegenen Insel Giannutri zu finden ist. Es gibt auch andere Amphibien, die außer auf der „Isola del Giglio“ auch im Gebiet des Toskanischen Archipels und dem Argentario, auf Sardinien, in Korsika und auf den Hyèrischen Inseln nahe der Côte d’Azur zu finden sind.

Insekten: Von den vielen Insekten, die auf der Insel beheimatet sind, kann auf eine besondere Art hingewiesen werden, welche erstaunlicherweise eigentlich auf der entfernten iberischen Halbinsel wohnt: der seltene Käfer Potoria Oblunga.

Unterwasserwelt: Es gibt eine sehr große Zahl an Meeresbewohnern, die im sauberen und naturbelassenen Meer den idealen Lebensraum gefunden haben, um sich zu vermehren. Es folgt eine kurze Auflistung der Fische, die am Meeresgrund der „Isola del Giglio“ zu finden sind und welche den Fischern und Tauchern wohl bekannt sind: Mönchsfisch, Mittelmeer-Fahnenbarsch, Zackenbarsch, Delfin, Zahnbrasse, Meeraal, Muränen, Schwertfisch, Spitzbrasse, Große Bernsteinmakrele, Meerbrassen, Großer Roter Drachenkopf, Zitterrochen, Streifenbarbe.
Was die Weichtiere betrifft, so sind Feilenmuscheln, Kraken und Sepien erwähnenswert, die man sehr häufig auffindet. Die Edle Steckmuschel, das größte mediterrane zweischalige Weichtier, war vor einiger Zeit noch in Giglios Meer anzutreffen, ist jedoch mittlerweile ausgestorben.