Le isole del GigIio e di Giannutri fanno parte del Parco Nazionale dell'Arcipelago Toscano, istituito il 22 luglio 1996, che con una superficie che si estende per 17.887 (terrestre) e 56.766 ettari (marini) è la più ampia area protetta dei mari europei.

Inoltre l'Isola del Giglio è anche un sito di interesse regionale (SIR) e zona di protezione speciale (ZPS)

Il parco comprende le Isole di Gorgona, Capraia, Elba, Pianosa, Montecristo, Giglio e Giannutri. L'isola di Montecristo è riserva naturale statale dal 1971.

Geologicamente le isole sono molto diverse fra di loro. Il Giglio e l'Isola d'Elba sono un misto granitico e calcareo, Capraia è di origine vulcanica, Montecristo e Gorgona granitiche mentre Giannutri e Pianosa sono quasi completamente calcaree.